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微生物在利用不同的復合碳源時，會表現出不同的代謝特點。例如，對于碳水化合物，微生物通常會通過糖酸循環代謝產生能量。而對于蛋白質和脂肪，微生物會利用蛋白酶和脂肪酶來分解，并通過氨基酸途徑和β-氧化途徑產生能量，微生物對碳源的利用是一個高度調控的過程。微生物會根據環境條件和碳源的特性，選擇適合自身生存和繁殖的利用策略。例如，一些微生物可以通過利用多種碳源形成互補性，提高能量利用效率。此外，微生物還可以通過合成和分解復合物的方式，將碳源固定在細胞外或細胞內，以便更好地利用。綜上所述，微生物利用碳源的代謝途徑是復雜且多樣的，涉及多種代謝途徑和調控機制。這些途徑不僅支持微生物的基本生命活動，還決定了它們在生態系統中的角色和功能。
目前市面上常用的復合碳源：甲醇作為外碳源具有運行費用低和污泥產量小的優勢，在甲醇碳源不足時，存在亞硝酸鹽積累的現象。以甲醇為碳源時的反硝化速率比以葡萄糖為碳源時快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）為 2.8～3.2 。乙酸鈉，乙酸鈉的優點在于它能立即響應反硝化過程，可作為水廠應急處置時使用。乙酸鈉由于是小分子有機酸鹽的原因，反硝化菌易于利用，脫氮效果是 的。通過實驗發現，碳氮比在4.6時，可以達到穩定的脫氮效果，而且它的水解物為小分子有機物，能容易被微生物降解，反硝化響應時間快，而且，能作為應急碳源。糖類糖類外加碳源中，以面粉、華爾網蔗糖、華爾網當地葡萄糖為主，由于葡萄糖是簡單的糖，所以目前研究比較多。當碳源充足時，以葡萄糖為碳源的 碳氮比較甲醇為碳源時高得多，為 6∶1～7∶1。碳源對硝氮的比還原速率幾乎沒有影響，但是對亞硝氮的比積累速率影響較大，在研究中發現只有葡萄糖作為外加碳源時對亞硝氮的比累積速率沒有影響。
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