花椒在生長發育過程中，由于環境不適或受病原菌的侵害，常常發生一些影響椒樹生長掛果結實、產品質量的病害。常有的病害有花椒菟絲子、花椒銹病、花椒根腐病、花椒落葉病、花椒炭疽病、花椒潰瘍病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒葉斑病、花椒膏病等。現主要介紹花椒根腐病，花椒銹病和花椒膏病。
花椒根腐病常發生在苗圃和成年椒園中。是由腐皮鐮孢菌引起的一種土傳病害。受害植株根部變色腐爛，有異臭味，根皮與木質部脫離，木質部呈黑色。地上部分葉形小而色黃，枝條發育不全，嚴重時全株死亡。防治措施：合理調整布局，改良排水不暢，環境陰濕的椒園，使其通風干燥。做好苗期管理，嚴選苗圃，以15%粉銹寧500-800倍液消毒土壤。高床深溝，重施基肥。