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工程預算審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程預算審核以單位工種為標的，只對單位工程預算的合理負責。
審計與工程預算審核是兩個截然不同的專業學科，審計以會計師、審計師為主；而工程預算審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前 正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程預算審核，將以造價工程師為主。
工程預算在我國工程預算控制中的應用問題及建議：
（1）建設單位及施工單位不了解和不重視
我國以公有制為主體，多種所有制經濟共同發展的基本經濟制度決定了我國許多大中型建設項目的建設單位都是 ，且大多數建設單位對工程預算控制的重視遠遠不夠，不少建設單位是想方設法把資金用完，而不是節約資金。施工單位則只注重承接業務，不注重對業主的承諾實現。
（2）價值工程的實施未貫穿于工程項目全生命周期
目前，我國大多數工程項目應用價值工程的造價控制都僅局限于某一階段，如項目竣工結算階段、設計階段、材料采購階段等
工程預算對定額合理套用：
1)直接套用定額單價要注意套用的項目名稱、內容與施工圖紙標準是否一致，例如構件名稱、強度等級、斷面形式等； 為了避免重復套用項目費用還要注意定額包含的工作內容。
2)對于使用材料的名稱、類別、定額與規格不同時，在允許定額換算的范圍內，可以根據定額材料庫中相對應的材料換算其定額材料和單價，如木門窗框料換算。
3)在工程項目中也要根據具體項目情況，乘上相應的調整系數，例如基礎墊層系數、斜屋面增加系數等。
工程預算編制方面的依據：
1）它是計算和控制建設項目中建筑工程所需費用的依據。
2）它是編制單項工程綜合概算的依據。
3）它是建筑工程設計方案經濟合理的論證依據。
全程參與和監督分包工程預算合同價格的確定。對分包工程價格進行客觀公正、實事求是地復核和測算，使分包工程合同的標底價格、中標價格及簽約價格做到心中有數，遵照高質低價的原則，選擇出 分包方，以利于分包工程合同的順利簽訂。參與分包工程合同條款審查。審查分包工程合同條款，主要審查合同價格條款和材料供應條款及質量保修條款。審查復核分包合同簽約價格或費率是否為中標價格或費率；分包合同中材料供應條款是否明確甲供料的供應方式及自購料的質量、購買程序和驗收程序是否合規，竣工結算時費用的計取方式；質量責任保修年限和保修金額是否符合 相關規定。
