種子采集品種為大紅袍，選擇樹勢強的盛果期樹（10~15年生）。在8月中旬至10月上旬，果皮由綠色變為紅褐色或紫黑色時采種。新采的果實放在通風處陰干，去掉果皮、雜質即得種子。種干切忌曝曬，以防種子出油。喪失發芽力。
種子收集后，若不秋冬播種，需進行貯藏，有干藏，濕藏、糞藏三種：干藏：將種于裝入麻袋或瓷缸內，置通風干燥處，以備春用。濕藏：方法有三。A.將脫脂種子漂洗干凈和沙混合，攤放陰涼處晾干，裝入麻袋置于通風陰涼處備用（脫脂方法見播種前種子處理）。挖坑沙藏：對未脫脂種子，在背風向陽，排水良好的地方挖溝，深0.8米、寬1米， 長度隨種子多少而定，隔兩米豎一草把以利通氣，將種子與濕沙以1:2比例拌勻貯于溝中，堆至溝沿16厘米左右，上覆純濕沙與地面平，再覆土呈壟狀，兩邊留排水溝，貯藏期間常翻動種子。

種子處理 1.秋播種子的處理種子處理重點是脫油處理。花椒種子空粒較多，約占50%以上，處理前先要進行水選，除去空粒，對顆粒飽滿的種子進行脫油處理。先將種子放入水缸或鐵鍋內，用沸水燙種子4~5分鐘，然后迅速加入涼水至30~40℃；二是搓油，將要處理的種子倒入2%的堿水或1%洗衣粉水浸泡2~3天，在浸泡中不斷用掃帚和棍棒攪拌搓洗，脫去表層的油脂，三是清洗，浸泡過種子的水中含有大量油脂，因此要用新高脂膜800倍液沖洗干凈，直至種子表面看上去黑但不發亮，然后撈出種子，堆放1~2天后，即可用于播種，播種前將種子與草木灰混合，灰的濕度以手捏成團，觸之能散為宜，連灰播種。
春播的種子要進行沙藏處理沙藏時間以50天左右為宜，將種子與3倍濕沙混合（不可帶泥），河沙濕度，以手握成團，手張由散為度。選排水良好的溫暖地方，挖1米寬，40~50厘米深的溝，將種子放入，堆10~15厘米厚，再覆土10~15厘米，澆水滲透，上蓋濕土，在土壤解凍后應及早播種。