陰離子聚丙烯酰胺和陽離子聚丙烯酰胺區別很大，首先它們都是高分子絮凝劑，陰離子陽離子是他們的兩個不同的型號，它們是不能混合使用的，混合使用會起反應，失去藥劑的效果；

陰離子聚丙烯酰胺主要用于各種工業廢水的絮凝沉降，沉淀澄清處理，如鋼鐵廠廢水，電鍍廠廢水，冶金廢水，洗煤廢水等污水處理、污泥脫水等。還可用于飲用水澄清和凈化處理。由于其分子鏈中含有一定數量的極性基團，它能通過吸附水中懸浮的固體粒子，使粒子間架橋或通過電荷中和使粒子凝聚形成大的絮凝物，故可加速懸浮液中粒子的沉降，有非常明顯的加快溶液澄清，促進過濾等效果。 

陽離子聚丙烯酰胺主要應用于工業上的固液分離過程，包括沉降、澄清、濃縮及污泥脫水等工藝，應用的主要行業有：城市污水處理、造紙工業、食品加工業、石化工業、冶金工業、選礦工業、染色工業和制糖工業及各種工業的廢水處理。用在城市污水及肉類、禽類、食品加工廢水處理過程中的污泥沉淀及污泥脫水上，通過其所含的正電荷基團對污泥中的負電荷有機膠體電性中和作用及高分子優異的架橋凝聚功能，促使膠體顆粒聚集成大塊絮狀物，從其懸浮液中分離出來。效果明顯，投加量少。

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