工程預(yù)算審計以基建項目為標(biāo)，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設(shè)計、施工實(shí)施的一切財務(wù)收支；工程預(yù)算審核以單位工種為標(biāo)的，只對單位工程預(yù)算的合理負(fù)責(zé)。 審計與工程預(yù)算審核是兩個截然不同的專業(yè)學(xué)科，審計以會計師、審計師為主；而工程預(yù)算審核以工程經(jīng)濟(jì)和工程技術(shù)人員為主。目前 正在實(shí)行注冊造價工程師制度，今后的工程預(yù)算審核，將以造價工程師為主。

工程預(yù)算建筑規(guī)模有時也會不一樣。比如規(guī)劃許可證是10000平米，但是招標(biāo)文件上是10500平米，中標(biāo)了和你怎么填？填10500平米，那么就會合規(guī)劃許可證發(fā)生沖突，到時候也會領(lǐng)不了。因此如何判定是有意為之要具體分析。審計部門可能會對造價指標(biāo)進(jìn)行比較。如多層框架結(jié)構(gòu)（不帶地下室）每平米為多少元。可有的時候，招標(biāo)單位的建筑面積是按照測繪部門提供的數(shù)據(jù)，而預(yù)算的建筑面積的計算方法有的不能和其接軌，難免會產(chǎn)生誤差。那么，由此認(rèn)為就提高了工程預(yù)算也是不妥的。

工程預(yù)算如果是預(yù)算結(jié)算承包，審計的重點(diǎn)是核查乙方提出的設(shè)計變更資料是不是通過了原來設(shè)計部門的同意或是經(jīng)過了甲方的簽證，這里的重大設(shè)計變更有沒有計劃或者是主管部門的審批手續(xù)，變更工程量的計算是不是真實(shí)，套用定額與單價是不是合適且準(zhǔn)確，設(shè)計變更的增減是不是同步，有沒有巧立名目、自行定價、搭車收費(fèi)的現(xiàn)象。預(yù)算加系數(shù)或是平方米等價已經(jīng)承包，審計的重點(diǎn)原則上已經(jīng)把預(yù)算的變動，加價系數(shù)等算在內(nèi)，因此不應(yīng)該再零星項目變動經(jīng)濟(jì)洽談。如果是招標(biāo)承包，審計的重點(diǎn)是結(jié)算應(yīng)該按中標(biāo)合同的標(biāo)價執(zhí)行，當(dāng)然遇到特殊復(fù)雜工程可以調(diào)價，也要有補(bǔ)充的合同，否則就不應(yīng)該在 的結(jié)算關(guān)頭再另行加價。

工程預(yù)算審計方法還有很多各有各的優(yōu)缺點(diǎn) ，要提高審計效率，關(guān)鍵是要會選擇。政府投資項目范圍廣泛 ，各項目的建設(shè)難度、標(biāo)準(zhǔn)也不一致。另外，政府工程經(jīng)常受到人為因素和自然條件的影響，往往建設(shè)時間長，存在較多的設(shè)計變更和現(xiàn)場簽證 ，有的項目在審計時已經(jīng)發(fā)生變化 ，甚至無法進(jìn)行現(xiàn)場取證。這些因素決定了工程預(yù)算審計具有多樣性、復(fù)雜性和風(fēng)險性。因此，選擇審計方法時，既要考慮不同的審計階段和審計內(nèi)容，還要結(jié)合審計目標(biāo)，注意審計方法之間的交叉使用和外部審計條件的許可，做到有的放矢、科學(xué)使用。