雖然果膠被發現近200年，但目前對于其組成和結構并沒有徹底弄清楚。果膠結構非常難解析的原因在于其結構和組成隨著植物的種類、儲藏期和加工工藝的不同而不同。此外，果膠中還存在一些雜質。根據果膠分子主鏈和支鏈結構的不同，將其分為4類：同型半乳糖醛酸聚糖（Homogalacturonan，HG）、鼠李半乳糖醛酸聚糖 I（Rhamngalacturonan I，RGI）、鼠李半乳糖醛酸聚糖II（Rhamngalacturonan II，RGII）和木糖半乳糖醛酸聚糖（Xylogalacturonan，XG）。 HG是長而連續、平滑的α-1,4糖苷鍵連接的半乳糖醛酸聚合體，約占果膠的65％，半乳糖醛酸的C6可被甲酯化或酰胺化，在一些植物中，C2或C3可被乙酰化。 也有研究發現HG中半乳糖醛酸殘基的O-3或O-4被木糖取代，形成XG。 RGI（20％~35％）是一個具有側鏈區域的骨架，是由幾十甚至超過100個重復鼠李半乳糖醛酸二糖構成。通常RGI中的鼠李糖殘基有20％~80％被中性糖支鏈取代，取代位置通常在C4位，而RGI的支鏈長度和種類與果膠原料來源和提取方式有關。 這些支鏈可分為3種多聚體：阿拉伯聚糖、阿拉伯半乳聚糖I和阿拉伯半乳聚糖II。 內蒙古錫林郭勒回收橡膠原料行情 阿拉伯半乳聚糖I由(1,4)-α-D-Gal-(1,5)-α-L-Ara 組成，通過(1,4)-α-L-Ara 與主鏈相連；阿拉伯半乳聚糖II是高度分枝的半乳聚糖， 側鏈的主鏈由(1,3)-α-D-Gal 組成，該主鏈被(1,6)-α-D-Gal取代成分枝，而該分枝則被(1,3)-α-L-Ara取代。 RGII（約10％）的結構非常復雜 ，其骨架是帶有4個不同側鏈的短而伸長的 HG， 而非鼠李半乳糖醛酸聚糖，RGII由至少12種單糖以多于20種的鍵合方式連接。 在植物中，RGII 可與硼酸鹽發生交聯。