由于水下作業比陸上工作條件復雜，操作技術要求高，因而只有在特殊情況下才采用。
水下堵漏清基 ①建筑物基面的清理：當水生物或水垢、水銹較輕時，用竹刷、鋼絲刷、刮刀、砍斧、鑿子或風動砂輪等清理;較重時則用高速射流水清洗。②基坑清理：一般由潛水員輔以工具進行;當工作面或工作量大時，則先用挖掘機、挖泥船或氣泵進行初步清理。
水下鉆孔 當孔深及孔徑較小或在豎直面上鉆孔時，可用風動鑿巖機鉆孔，由潛水員在水下直接操作。當在閘壩上游進行帷幕補強灌漿或鉆大孔徑 孔時，一般采用設在船臺或浮排組成的工作臺上的回轉鉆機鉆孔。20世紀60年代以來，歐洲、美洲一些 和日本廣泛采用了雙套管(其外套管用以固定鉆孔位置，保護鉆具免受流水沖擊;內套管頭部鑲有環形鉆頭，可以鉆透覆蓋層達到基巖中)在深水域鉆孔。
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船只抬撬打撈法。用鋼繩兜于沉船船下，用打撈船里的起重機械將沉船提到，水下打撈時一般要用兩船或多架打撈船一同工作。
塑料泡沫打撈法。將比例輕的內肌塑料泡沫鍵入沉船倉內，排去海面，借泡沫塑料水的浮力伸出船只，此方法免除在沉船底穿引鋼繩的麻煩，且降低或免除封艙工作中，也融入水上大風大浪下工作。
護岸打撈法。當船沉到水位較小的海域時，可筑堰于沉船的周邊，抽出來堰內的水，將沉船封補或修補，再注水將船浮起后拆卸護岸。
打氣排水管道打撈法。是向沉船倉內打進空氣壓縮而排出來水質，使沉船浮起。
總而言之在沉船打撈全過程中危險系數十分高，因此規定工程項目經理一定要具有靈活應變的工作能力及其技術性方面的規定，不能呆板軟套。許多情況下是根據綜合性打撈法來對沉船打撈。
