對分包工程合同履行過程的事中審計監督是分包工程全過程跟蹤審計的第二步。審計的重點是分包工程量計量、施工現場變更、材料使用等審計要素工程量計量的準確性，現場簽證的真實性。工程量的大小決定著分包工程的終造價，是確定分包工程預算的根本。工程量的準確性，將直接決定著分包工程的審計質量。事中審計監督就是要突出對分包工程實施過程的審計，強調變更簽證工作量的現場審計。內審人員要按施工階段定期或不定期地深入施工現場，對實際發生的工程量，進行現場丈量和取證核實，落實變更簽證確認程序和內容的合理性，是否存在違規簽證，虛增工程量，提高分包工程量的真實性和準確性。

工程預算建設單位是否在招標前將該項目的招標用圖紙和工程量清單（或調整工程量清單）進行了認真的對比審核。工程量清單是根據招標用圖紙，按照招標文件上的各細目計量方法匯總出來的。它既是招投標時各投標單位報價的共同基礎，也是合同簽定后施工過程中變更、計量的基礎。目前工程量清單大多由設計院或工程咨詢事物所編制，沒有第二家單位復核，準確度較低，如果清單量與實際施工圖數量出入太大，會使合同價（或中標價）過高或過低，即使在中標以后另行調整，也會給施工單位按合同文件提請變更單價埋下伏筆。

工程預算勘察設計費包括為項目建設編制項目建議書、可行性研究報告、初步設計和施工圖文件等所需的咨詢評估、設計、施工圖預算編制、研究試驗等所需的費用包括： A．工程預算項目建議書、可行性研究報告按 頒布的收費標準計算。 B．設計費和工程預算的勘察費按 頒布的工程設計收費標準計算。

施工單位施工過程中對技術資料的未能完整歸檔或有意不建檔，造成建設單位在工程竣工后無法建立完整的工程資料檔案并按要求報送工程結算所需資料，從而使審計工作周期拉長、風險加大。這個問題也的確存在。不過，按照一般的情況，審計周期是按提供完整的資料開始計算的。除非你自己的要求沒有到位，那也怨不得別人。什么叫風險加大？是你審計費用不夠用了吧？既然做了審計這個行業，就要有這個思想準備，否則人家建設單位為什么出錢給你啊！建設單位缺乏工程技術專管人員和工程技術專業知識或工程技術人員職業道德水準不高，造成工程項目施工中不合規的變更簽證增多，從而使得工程預算隨意增大。