無論是滾筒篩海是洗海砂設備，都需要使用淡水進行清洗工作，這樣清洗水的處理就是一項非常重要的事情，清洗水中大量的氯離子使得其不能進行循環利用，只能將其沉淀后排入海洋中去。同時在海沙淡化設備生產線中安裝有氯離子檢測儀，每小時對氯離子進行一次檢測，以確保海沙產品達到建筑行業用沙標準。

除去氯離子有效的方法就是生成氯化物沉淀或者將氯離子變成氣體排出。但這兩種方法的投入成本相對較高，在現實生活中一般是不會采用的。在常用的海沙淡化生產線中，多使用物理上的清水清洗方法。它的主要原理就是利用清水來稀釋氯離子，使得清洗后海沙中的氯離子含量達到標準值以下。