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工程預算審計主要針對工程項目決算的，在一個建設項目竣工完成，建設單位與施工單位結算工程款時進行的。工程預算審計就是工程預算審核（審價），是工程預算咨詢單位咨詢業務的一部分。受業主委托對其工程項目的概算、預算及結算等，依據現行 政策法規、計價依據及相關工程技術資料對送審造價的工程量、單價及取費等進行逐項審核。在運用工程量清單計價模式進行工程預算審計工作時，可以從以下幾個方面來進行：

工程預算建筑規模有時也會不一樣。比如規劃許可證是10000平米，但是招標文件上是10500平米，中標了和你怎么填？填10500平米，那么就會合規劃許可證發生沖突，到時候也會領不了。因此如何判定是有意為之要具體分析。審計部門可能會對造價指標進行比較。如多層框架結構（不帶地下室）每平米為多少元。可有的時候，招標單位的建筑面積是按照測繪部門提供的數據，而預算的建筑面積的計算方法有的不能和其接軌，難免會產生誤差。那么，由此認為就提高了工程預算也是不妥的。

工程預算增加工程是“貓膩”較多的地方，究其原因，主要是設計單位設計深度不夠，建設單位責任心不強。有些承包商在“低價中標法”中不計成本得到工程后，為了彌補損失，千方百計增加工程簽證，在利益誘惑下，某些項目管理者亂簽證、補簽證現象嚴重 ，審計人員一旦認真復核，通常會發現簽證工程量與實際出入較大。安裝、裝飾及園林工程結算取定的材料單價和市場行情出入很大，有的甚至“偷梁換柱”。例如某國產燈具安裝材料套用進口材料價格，工地現場的名貴樹種規格和結算書的規格大相徑庭，通過現場勘查取證 ，工程預算水分被大大擠壓出來。

抓好合同管理，減少工程索賠在施工階段成本控制的關鍵是對工程變更實行有效控制。針對目前工程量清單報價，施工單位往往采取“沈陽工程預算低價中標，索賠贏利”的方式承攬工程。作為業主方造價管理人員要做到事前把關，主動監控，嚴格審核工程變更，計算各項變更對總投資的影響，從使用功能、經濟美觀等角度確定是否需要進行工程變更，減少不必要的工程費用支出，避免投資失控；另外，對施工單位及材料供應商不履行約定義務及時提出反索賠，使成本得到有效控制。從管理模式上著手，建立建設監理制，沈陽工程預算追求項目投資的有效控制按照監理規定和實施細則，完善職責分工及有關制度，落實責任，從工程管理機制上建立健全的投資控制系統。同時做好月度工程進度款審核，避免投資失控。工程進度款的審核，對經監理方確定的工程量，按合同約定的計價依據，套用材料單價及費用定額進行核價后支付相應的工程進度款。