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工程預算竣工決算審計依據《審計法》和審計署發《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為（1）竣工決算編制依據；（2）項目建設及概（預）算執行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產；（5）尾工工程；（6）結余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結余；（9）投資效益評價。主要根據 的審計法和相關規定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。
工程預算編制三階段如何進行：
①、做好招投標階段的工程造價的控制，合理確定招標控制價，并根據投標報價來確定中標的工程造價。
②、科學確定承包合同價.
③、結算階段的造價控制.
基建工程造價管理的作用：
1、合理使用人力、物力、財力和自然資源，緩解基建工程投資供需矛盾。
2、控制基建工程建設總規模，調節投資結構，防止盲目建沒，重復建設。
3、加快工程建設速度，提高投資的經濟效益和社會效益，加速基建工程建設投人產出的良性循環。
4、延長固定資產維修周期，減少維修開支，降低基建工程建設全壽命費用。
工程預算審計方法還有很多各有各的優缺點 ，要提高審計效率，關鍵是要會選擇。政府投資項目范圍廣泛 ，各項目的建設難度、標準也不一致。另外，政府工程經常受到人為因素和自然條件的影響，往往建設時間長，存在較多的設計變更和現場簽證 ，有的項目在審計時已經發生變化 ，甚至無法進行現場取證。這些因素決定了工程預算審計具有多樣性、復雜性和風險性。因此，選擇審計方法時，既要考慮不同的審計階段和審計內容，還要結合審計目標，注意審計方法之間的交叉使用和外部審計條件的許可，做到有的放矢、科學使用。
工程階段性對預算的影響：
一項建筑工程要經歷決策、設計、實施三個階段，預算是建筑施工圖設計階段中的產物，它產生在實施階段之前，這就決定了預算的局造價性。
1、建筑材料價差對預算的影響；
2、 政策性調價；
3、工程預算沒有考慮現場簽證；
4、工程預算沒有特殊施工技術措施。
審核初始階段，應對施工現場進行踏勘，踏勘現場一般要了解如下內容：
（1）施工的地理位置、地形地貌、管線設置情況；
（2）施工現場的地質、土質、地下水位、水文等情況；
（3）施工現場的環境，如交通、供水供電、污水排放等
