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對分包工程合同履行過程的事中審計監督是分包工程全過程跟蹤審計的第二步。審計的重點是分包工程量計量、施工現場變更、材料使用等審計要素工程量計量的準確性，現場簽證的真實性。工程量的大小決定著分包工程的終造價，是確定分包工程預算的根本。工程量的準確性，將直接決定著分包工程的審計質量。事中審計監督就是要突出對分包工程實施過程的審計，強調變更簽證工作量的現場審計。內審人員要按施工階段定期或不定期地深入施工現場，對實際發生的工程量，進行現場丈量和取證核實，落實變更簽證確認程序和內容的合理性，是否存在違規簽證，虛增工程量，提高分包工程量的真實性和準確性。
工程預算審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程預算審核以單位工種為標的，只對單位工程預算的合理負責。
審計與工程預算審核是兩個截然不同的專業學科，審計以會計師、審計師為主；而工程預算審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前 正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程預算審核，將以造價工程師為主。
工程預算增加工程是“貓膩”較多的地方，究其原因，主要是設計單位設計深度不夠，建設單位責任心不強。有些承包商在“低價中標法”中不計成本得到工程后，為了彌補損失，千方百計增加工程簽證，在利益誘惑下，某些項目管理者亂簽證、補簽證現象嚴重 ，審計人員一旦認真復核，通常會發現簽證工程量與實際出入較大。安裝、裝飾及園林工程結算取定的材料單價和市場行情出入很大，有的甚至“偷梁換柱”。例如某國產燈具安裝材料套用進口材料價格，工地現場的名貴樹種規格和結算書的規格大相徑庭，通過現場勘查取證 ，工程預算水分被大大擠壓出來。
工程預算編制的流程：
1.預算部經辦人根據招標談判約定條件，結合公司前期合同樣本起草合同草案（技術質量及工期指標由工程部提供），該草案內容是經施工單位認可的內容。
2.將合同草案交律師審閱。
3.施工單位工程預算簽字蓋章后的合同，簽交與律師審核見證。
4.合同經辦人、工程預算主管、總經理助理簽字認可。
預算部根據采購計劃會同工程部擬定招標文件（預算部擬定經濟費用指標、工程部擬定技術質量指標），向合格供方單位發放招標通知（電話或書面均可）工程分類定標：由工程部和預算部在合格供方單位中選擇1~3家進行比較分析，然后共同確定中標單位。
