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工程預算審計主要針對工程項目決算的，在一個建設項目竣工完成，建設單位與施工單位結算工程款時進行的。工程預算審計就是工程預算審核（審價），是工程預算咨詢單位咨詢業務的一部分。受業主委托對其工程項目的概算、預算及結算等，依據現行 政策法規、計價依據及相關工程技術資料對送審造價的工程量、單價及取費等進行逐項審核。在運用工程量清單計價模式進行工程預算審計工作時，可以從以下幾個方面來進行：
至于指定基建材料、指定材料供貨商，如果在合同中已經明確，也無可厚非。如果在合同中沒有加以明確，施工單位又加以認可的話，也不必大驚小怪。不過，一般施工單位心中總是不是很愿意，畢竟材料占了工程預算的60％-70％，其中的利潤自然可觀。一個是建設單位自己采購的確可以降低成本，另一個有時施工單位采購的材料的確不過關，如果在合同中沒有對于品牌、型號、材質加以明確的話，施工單位采購進來的材料一般都不是很好的。建設單位對這方面加以控制的話也可以理解。因為結算時一般以信息價和市場價調整，而信息價的利潤幅度還是又的，市場價又難以把握，就象該文作者自己說的那樣，所以建設單位此舉說是控制成本也可以理解。作者把這些都看成時不正常的舉動，未免太偏頗了。
承包工程合同簽定不規范，工程結算計價難以確定。工程預算在審計過程中發現，建設、施工雙方承包工程合同簽訂不規范。在簽訂合同時不按投標文件的內容逐一填寫，尤其是建筑規模和中標價，存在少填或者不填的現象，給工程計價取費留下活口，目的是為了竣工后高報工程結算價格打下伏筆，使得原本十分嚴肅的合同失去約束作用，建設單位失去了對施工單位工程報價的有效監督，容易造成決算價格偏高。同時，給工程結算造價審核帶來難度和風險。
工程預算以竣工圖紙為依據，審定工程預算的一種方法。基建工程決算審計，必須認真仔細地看清所有的竣工圖紙，才能準確無誤地計算審定工程預算的真實性。要求審計人員必須熟練掌握所有的建施圖、結施圖、水暖電平面圖、系統圖；不僅要將每一張圖紙看懂吃透，而且要將所有的圖紙綜合分析。結合工程竣工資料、設計變更及相應的工程簽證，綜合會診才能發現問題、揭露問題。看圖法是基建工程決算審計基本、普遍、直觀、常用的方法，它貫穿基建工程決算審計的全過程。
