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工程預算由于間接費、利潤、稅金等各項費用，是按照工程的專業（土建、安裝、裝飾、市政、人防、園林等）和工程類別（即按照施工難易程度分一、二、三、四類）分別規定了取費標準，審查時應該注意以下幾個問題：審查取費標準是否與所用定額相匹配。在編制決算時，主體工程選用某專業定額，則取費標準必須選用與該專業配套使用的標準審查取費標準是否與工程類別相吻合。首先，根據工程規模及工程類別劃分標準表，確定工程類別；然后，審查是否按確定的工程類別計取費用。如土建工程與安裝工程的工程類別應分別按各自的工程類別劃分標準表確定。
施工單位施工過程中對技術資料的未能完整歸檔或有意不建檔，造成建設單位在工程竣工后無法建立完整的工程資料檔案并按要求報送工程結算所需資料，從而使審計工作周期拉長、風險加大。這個問題也的確存在。不過，按照一般的情況，審計周期是按提供完整的資料開始計算的。除非你自己的要求沒有到位，那也怨不得別人。什么叫風險加大？是你審計費用不夠用了吧？既然做了審計這個行業，就要有這個思想準備，否則人家建設單位為什么出錢給你啊！建設單位缺乏工程技術專管人員和工程技術專業知識或工程技術人員職業道德水準不高，造成工程項目施工中不合規的變更簽證增多，從而使得工程預算隨意增大。
審計人員對于竣工之后的工程預算酬勞核算也要嚴格把握，對于所有的工程建筑材料都要進行仔細的核算，我們的社會是一個綠色發展的社會，因此性價比高的建筑設計才是被主流社會所接受的，必須嚴格的控制整個工程的投資額度，隨著大數據時代的發展，以后的建筑必定會被把握的更加嚴謹，工程中出現的一些不良現象也一定會通過工程審計的監督而無所遁形，工程整體造價也一定會工程審計的日趨完善而變得越來越貼近實際。推動我國的經濟發展。
工程預算設計部門應當加強以下幾個方面的工作：
1）工程預算項目的設計單要嚴把質量關，保證所提交的工程設計具有較高的質量；
2）應當明確職責并與獎金掛鉤，發揮績效的積極作用；
3）應當有計劃有目標地培養技術骨干，通過請專家來對企業員工進行培訓、單位工程竣工驗收程序：工程竣工驗收由建設單位組織勘察、工程預算編制、施工、監理等單位和其他有關方面的專家進行工程驗收。（1）單位工程完工后，施工單位自行組織檢查評定，并向建設單位提出交工驗收投告。（2）建設單位收到工程驗收報告后，應由建設單位（項目）負責人組織施工（合分包單位）、工程預算編制、監理等單位（項目）負責人進行單位（子單位）工程驗收。
