工程預算審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程預算審核以單位工種為標的，只對單位工程預算的合理負責。 審計與工程預算審核是兩個截然不同的專業學科，審計以會計師、審計師為主；而工程預算審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前 正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程預算審核，將以造價工程師為主。

工程預算它是指審計人員親臨建筑物現場，對審計項目進行實地測量和觀察，從而準確地審計已完工程建設項目的實際投資情況，發現疑點，驗證事實，核實實際工程量，審定工程預算的一種方法。例如：某工程決算審計時審計人員經現場實際測量和觀察，現場測的圍墻工程量比實際工程量少68.6m；砼地坪工程量少120m2；以上兩項核減工程預算12.36萬元。它是指審計人員通過調查詢問被審計單位參與基建項目管理的知情者，通過知情人事收集整理審計信息，以證實基建工程量與工程價款的真實性、合理性的一種方法。如審計人員某年對某單位一建筑基建工程決算進行審計，通過建設單位了解到該項目地板磚為甲供材，

施工單位施工過程中對技術資料的未能完整歸檔或有意不建檔，造成建設單位在工程竣工后無法建立完整的工程資料檔案并按要求報送工程結算所需資料，從而使審計工作周期拉長、風險加大。這個問題也的確存在。不過，按照一般的情況，審計周期是按提供完整的資料開始計算的。除非你自己的要求沒有到位，那也怨不得別人。什么叫風險加大？是你審計費用不夠用了吧？既然做了審計這個行業，就要有這個思想準備，否則人家建設單位為什么出錢給你啊！建設單位缺乏工程技術專管人員和工程技術專業知識或工程技術人員職業道德水準不高，造成工程項目施工中不合規的變更簽證增多，從而使得工程預算隨意增大。

工程預算審計主要是根據 有關法規和政策，依據 建設行政主管部門頒發的工程定額工料消耗標準、取費標準以及人工、材料、機械臺班價格參數、設計圖紙和工程實物量，工程預算的確認和控制進行有效的監督檢查。在工程項目實施階段，以承包合同為基礎，在竣工驗收后結合施工變更、工程簽證的情況，作出符合施工實際的竣工造價審查結果，它是承發包雙方結算的依據，也是工程決算的基礎資料和依據。