工程預算由于間接費、利潤、稅金等各項費用，是按照工程的專業（土建、安裝、裝飾、市政、人防、園林等）和工程類別（即按照施工難易程度分一、二、三、四類）分別規定了取費標準，審查時應該注意以下幾個問題：審查取費標準是否與所用定額相匹配。在編制決算時，主體工程選用某專業定額，則取費標準必須選用與該專業配套使用的標準審查取費標準是否與工程類別相吻合。首先，根據工程規模及工程類別劃分標準表，確定工程類別；然后，審查是否按確定的工程類別計取費用。如土建工程與安裝工程的工程類別應分別按各自的工程類別劃分標準表確定。

施工單位施工過程中對技術資料的未能完整歸檔或有意不建檔，造成建設單位在工程竣工后無法建立完整的工程資料檔案并按要求報送工程結算所需資料，從而使審計工作周期拉長、風險加大。這個問題也的確存在。不過，按照一般的情況，審計周期是按提供完整的資料開始計算的。除非你自己的要求沒有到位，那也怨不得別人。什么叫風險加大？是你審計費用不夠用了吧？既然做了審計這個行業，就要有這個思想準備，否則人家建設單位為什么出錢給你啊！建設單位缺乏工程技術專管人員和工程技術專業知識或工程技術人員職業道德水準不高，造成工程項目施工中不合規的變更簽證增多，從而使得工程預算隨意增大。

工程預算以竣工圖紙為依據，審定工程預算的一種方法。基建工程決算審計，必須認真仔細地看清所有的竣工圖紙，才能準確無誤地計算審定工程預算的真實性。要求審計人員必須熟練掌握所有的建施圖、結施圖、水暖電平面圖、系統圖；不僅要將每一張圖紙看懂吃透，而且要將所有的圖紙綜合分析。結合工程竣工資料、設計變更及相應的工程簽證，綜合會診才能發現問題、揭露問題。看圖法是基建工程決算審計基本、普遍、直觀、常用的方法，它貫穿基建工程決算審計的全過程。

工程預算由于工程建設涉及面廣和其本身所具有的復雜性，在其建設過程中，不可避免地發生設計變更、材料設備變更等多種引起工程預算變化的情況。對于采取中標價從簽證作為結算方式的工程，更應注意增減費用的審查。應注意設計變更的審查。設計變更單是設計單位在施工中發現需要變更的部位，或是由于建設單位需要改變使用功能、裝修標準等而發出的變更通知單。它應是由設計單位、建設單位、施工單位、監理單位協商后共用簽署的。審查設計變更時，一要應查驗手續是否完備；二要判定該項變更是否引起經濟利益上的增減變動，因為有的變更只是技術變更，并不引起經濟變更。還要注意查閱竣工圖，因為對于工程量增加而引起費用增加的項目。