工程預算審計方法還有很多各有各的優缺點 ，要提高審計效率，關鍵是要會選擇。政府投資項目范圍廣泛 ，各項目的建設難度、標準也不一致。另外，政府工程經常受到人為因素和自然條件的影響，往往建設時間長，存在較多的設計變更和現場簽證 ，有的項目在審計時已經發生變化 ，甚至無法進行現場取證。這些因素決定了工程預算審計具有多樣性、復雜性和風險性。因此，選擇審計方法時，既要考慮不同的審計階段和審計內容，還要結合審計目標，注意審計方法之間的交叉使用和外部審計條件的許可，做到有的放矢、科學使用。

工程預算材料費的計算要把好三關：“劃分界限關”――嚴格按規定劃分設備與材料。“價格關”――尤其是大宗材料和對造價影響較大的材料，要根據當地造價部門發布的材料指導價或通過市場調查、網上詢價等途徑，獲取材料的真實價格。“計算關”――審查材料費及運雜費計算的合理性和合規性。分包工程計價的審計。對分包工程預算進行合理準確的計價是真實反映分包工程預算的基礎，將工程量計算、定額子目套用及費率計取作為分包工程計價審計的審計重點。

工程預算它是指審計人員在審計過各中會同被審計單位有關人員與施工單位有關人員及現場監理人員到建筑現場，對有疑點的隱蔽工程進行挖開核實工程做法與工程量、價款的方法。抽樣測定法較為直接，容易驗證出問題的真假，但是審計風險較大，所以一般在確有問題時方可實行抽樣定點的方式。例如：某年審計某項工程時，審計人員通過了解得知，該項目管道回填施工時未按設計要求進行篩土回填，且未做警示標志。經現場抽樣開挖發現有兩個標段的部分施工班組未按設計要求施工。

工程預算審計組長的職責（1）確定跟蹤審計小組人員的分工和崗位職責。（2）主持編寫項目跟蹤審計實施方案，負責跟蹤審計項目的內部管理和外部協調工作。審閱重要的咨詢成果文件，制定咨詢原則，處理重要技術問題。（3）負責跟蹤審計項目內各層次、各專業人員之間的技術協調、組織管理、質量管理等工作，處理審核人、校核人、編制人員之間的技術分歧意見，對形成的咨詢成果質量負責。（4）根據項目實施方案，動態掌握項目造價變化情況，負責確定階段控制目標，進行風險預測，分析偏差制定糾偏措施。