工程預算審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程預算審核以單位工種為標的，只對單位工程預算的合理負責。 審計與工程預算審核是兩個截然不同的專業學科，審計以會計師、審計師為主；而工程預算審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前 正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程預算審核，將以造價工程師為主。

工程預算建筑規模有時也會不一樣。比如規劃許可證是10000平米，但是招標文件上是10500平米，中標了和你怎么填？填10500平米，那么就會合規劃許可證發生沖突，到時候也會領不了。因此如何判定是有意為之要具體分析。審計部門可能會對造價指標進行比較。如多層框架結構（不帶地下室）每平米為多少元?？捎械臅r候，招標單位的建筑面積是按照測繪部門提供的數據，而預算的建筑面積的計算方法有的不能和其接軌，難免會產生誤差。那么，由此認為就提高了工程預算也是不妥的。

工程預算如果是預算結算承包，審計的重點是核查乙方提出的設計變更資料是不是通過了原來設計部門的同意或是經過了甲方的簽證，這里的重大設計變更有沒有計劃或者是主管部門的審批手續，變更工程量的計算是不是真實，套用定額與單價是不是合適且準確，設計變更的增減是不是同步，有沒有巧立名目、自行定價、搭車收費的現象。預算加系數或是平方米等價已經承包，審計的重點原則上已經把預算的變動，加價系數等算在內，因此不應該再零星項目變動經濟洽談。如果是招標承包，審計的重點是結算應該按中標合同的標價執行，當然遇到特殊復雜工程可以調價，也要有補充的合同，否則就不應該在 的結算關頭再另行加價。

工程預算審計方法還有很多各有各的優缺點 ，要提高審計效率，關鍵是要會選擇。政府投資項目范圍廣泛 ，各項目的建設難度、標準也不一致。另外，政府工程經常受到人為因素和自然條件的影響，往往建設時間長，存在較多的設計變更和現場簽證 ，有的項目在審計時已經發生變化 ，甚至無法進行現場取證。這些因素決定了工程預算審計具有多樣性、復雜性和風險性。因此，選擇審計方法時，既要考慮不同的審計階段和審計內容，還要結合審計目標，注意審計方法之間的交叉使用和外部審計條件的許可，做到有的放矢、科學使用。