工程預算竣工決算審計依據《審計法》和審計署發《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為（1）竣工決算編制依據；（2）項目建設及概（預）算執行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產；（5）尾工工程；（6）結余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結余；（9）投資效益評價。主要根據 的審計法和相關規定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。

施工組織設計的工程預算編制依據 (1)計劃文件，包括 批準的基本建設計劃文件、單位工程項目一覽表、分期分批投產的要求、投資指標和設備材料訂貨指標、建設地點所在地區主管部門的批件、施工單位主管上級下達的施工任務等； (2)設計文件，包括批準的初步設計或技術設計、設計說明書、總概算或修正總概算、可行性研究報告； (3)合同文件，即施工單位與建設單位簽訂的工程承包合同； (4)建設地區的調查資料，包括氣象、地形、地質和其他地區性條件等結算過程其他注意事項結算的工程量以竣工圖為準，竣工圖不清之處，預算人員要得到工程管理中心的確認或到工地現場進行實地測量；尤其對圖紙未標注、規范無特別要求，現場實際施工又提高標準的項目一定要有現場工程師文件確認并符合工程合同要求后才能給予按實結算。

工程預算在目前審計審計任務日益繁重 ，而審計力量相對有限的情況下 ，審計人員如何根據工程項目的實際情況選擇工程預算審計方法，以便提高審計效率，又快又好地完成審計任務隨著 經濟快速發展及投資的增長，建設項目投資審計受到社會各界的空前重視。工程預算審計是政府投資項目審計的重要組成部分，特別在節約建設資金、提高項目管理水平方面具有顯著作用。近年來，隨著政府基本建設力度的加大，投資審計倍受社會各界關注，各級政府部門對投資高重視，這對審計和審計人員來說，既是一種鼓勵，

工程預算施工階段，合理地確定部分主材單價也是很關鍵的。由于新工藝與新材料的不斷出現，市場材料由于品牌、質量等因素的影響，價格差異相當大，這就要求審計人員對各種工程材料的市場行情，有相當程度的熟悉。建筑材料費通常會占比工程建安造價的50～60%左右，因此合理認定材料價格非常重要。 由于定價太高而推高工程造價的情況時有發生，對工程審計與工程款支付，產生非常不利的影響。