除塵器的初期運行，是指啟動后正常運行，袋式除塵器容易出毛病的時期，只有在充分注意的情況下發現的問題及時排除，才能達到穩定運行的目的。清灰過程是先切斷該室的凈氣出口風道，使該室的布袋處于無氣流通過的狀態(分室停風清灰)。然后開啟脈沖閥用壓縮空氣進行脈沖噴吹清灰，使濾袋清灰徹底，并由可編程序控制儀對排氣閥、脈沖閥及卸灰閥等進行全自動控制。準確預測袋式除塵器的露點是困難的，因此注意由于結露而造成的濾料網眼堵塞和除塵器機殼內表面的腐蝕問題。壓縮空氣壓力調整氣動閥控制的反吹風袋式除塵器和脈沖噴吹袋式除塵器，都以壓縮空氣為動力完成清灰過程。把壓縮空氣調整到設計壓力和氣量，才能_除塵器正常啟動和運轉。
溫度調節用袋式除塵器處理常溫氣體一般不成問題，但處理高溫高濕氣體時，初始運行，若不預熱，濾袋容易打濕，網眼會嚴重堵塞，甚至無法運行。另外，濾袋若不充分干燥，往往出現結露現象，處理風量為了穩定濾袋壓力損失，運行初期往往采用大幅度提高處理風量的辦法，讓氣體順利流過濾袋。此時如果風機的電機過載，可用總閥門調節風量，因為這種情況快則幾分鐘，慢則好幾天才能恢復正常。所以在開始時觀察壓力計，也可以從控制盤上電流表的讀數推算出相應的風量值。

 礦山布袋除塵器，脈沖除塵器是指通過噴吹壓縮空氣的方法除掉過濾介質（布袋或濾筒）上附著的粉塵；根據除塵器的大小可能有幾組脈沖閥，上箱體、中箱體、下箱體等部分組成，上、中、下箱體為分室結構。含塵氣體由進風口進入，切斷閥關閉時間足以保證在噴吹后從濾袋上剝離的粉塵沉降至灰斗，避免了粉塵在脫離濾袋表面后又隨氣流附集到相鄰濾袋表面的現象，由脈沖控制儀或PLC控制，每次開一組脈沖閥來除去它所控制的那部分布袋或濾筒的灰塵，而其他的布袋或濾筒正常工作，隔一段時間后下一組脈沖閥打開，清理下一部分除塵器由灰斗。