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工程預算施工階段，合理地確定部分主材單價也是很關鍵的。由于新工藝與新材料的不斷出現，市場材料由于品牌、質量等因素的影響，價格差異相當大，這就要求審計人員對各種工程材料的市場行情，有相當程度的熟悉。建筑材料費通常會占比工程建安造價的50～60%左右，因此合理認定材料價格非常重要。 由于定價太高而推高工程造價的情況時有發生，對工程審計與工程款支付，產生非常不利的影響。
工程預算編制過程中應用價值工程理論的特點如下：
（1）建筑產品的多樣性特點決定了工程項目應用價值理論具有普遍性。
（2）建筑生產的單件性特點決定了工程項目應用價值工程理論具有一次性。
（3）建筑產品的投資巨大、價值高昂的特點，決定了工程項目應用價值工程理論具有節約的潛力大，應用效率高等特點。
（4）建筑產品的使用壽命長的特點，決定了在工程項目中應用價值工程理論應注重測算全壽命周期費用的特點。
（5）建筑產品具有的建設周期長和勞動密集的特點，決定了在工程項目中應用價值工程理論不僅要注意提高產品的質量和功能
工程預算由于間接費、利潤、稅金等各項費用，是按照工程的專業（土建、安裝、裝飾、市政、人防、園林等）和工程類別（即按照施工難易程度分一、二、三、四類）分別規定了取費標準，審查時應該注意以下幾個問題：審查取費標準是否與所用定額相匹配。在編制決算時，主體工程選用某專業定額，則取費標準必須選用與該專業配套使用的標準審查取費標準是否與工程類別相吻合。首先，根據工程規模及工程類別劃分標準表，確定工程類別；然后，審查是否按確定的工程類別計取費用。如土建工程與安裝工程的工程類別應分別按各自的工程類別劃分標準表確定。
工程預算竣工決算審計依據《審計法》和審計署發《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為（1）竣工決算編制依據；（2）項目建設及概（預）算執行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產；（5）尾工工程；（6）結余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結余；（9）投資效益評價。主要根據 的審計法和相關規定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。
