工程預(yù)算審計(jì)方法還有很多各有各的優(yōu)缺點(diǎn) ，要提高審計(jì)效率，關(guān)鍵是要會(huì)選擇。政府投資項(xiàng)目范圍廣泛 ，各項(xiàng)目的建設(shè)難度、標(biāo)準(zhǔn)也不一致。另外，政府工程經(jīng)常受到人為因素和自然條件的影響，往往建設(shè)時(shí)間長(zhǎng)，存在較多的設(shè)計(jì)變更和現(xiàn)場(chǎng)簽證 ，有的項(xiàng)目在審計(jì)時(shí)已經(jīng)發(fā)生變化 ，甚至無(wú)法進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)取證。這些因素決定了工程預(yù)算審計(jì)具有多樣性、復(fù)雜性和風(fēng)險(xiǎn)性。因此，選擇審計(jì)方法時(shí)，既要考慮不同的審計(jì)階段和審計(jì)內(nèi)容，還要結(jié)合審計(jì)目標(biāo)，注意審計(jì)方法之間的交叉使用和外部審計(jì)條件的許可，做到有的放矢、科學(xué)使用。

工程量清單計(jì)量一般是根據(jù)每月完成的合同內(nèi)實(shí)物工作量經(jīng)監(jiān)理工程師簽認(rèn)合格準(zhǔn)予計(jì)量的工程細(xì)目，它有階段性、按實(shí)計(jì)量的特點(diǎn)。根據(jù)這個(gè)特點(diǎn)，應(yīng)在過(guò)程中來(lái)進(jìn)行控制，而不是依靠事后發(fā)現(xiàn)超計(jì)量以后再扣回。工程預(yù)算計(jì)量人員（工地監(jiān)理組、指揮部或總監(jiān)辦的工程部、計(jì)劃部）均應(yīng)認(rèn)真學(xué)習(xí)合同文件和招標(biāo)文件中的計(jì)量條款，心中應(yīng)明確哪些項(xiàng)目可以計(jì)量，哪些項(xiàng)目不能計(jì)量，屬于包含在其他工程項(xiàng)目中的內(nèi)容（例如：涵洞計(jì)量是以延米綜合單價(jià)計(jì)量的，因此其挖基、回填、清淤、基礎(chǔ)墊層、出入口鋪砌等均不能單獨(dú)計(jì)量。

通過(guò)相應(yīng)的政策改變可以控制整體工程的造價(jià)，我國(guó)目前的設(shè)計(jì)費(fèi)用是由工程總體造價(jià)來(lái)決定的，設(shè)計(jì)人員會(huì)從工程總體造價(jià)中抽取一定百分比的酬勞，這項(xiàng)政策是建筑行業(yè)一直以來(lái)的一個(gè)弊端，對(duì)控制工程預(yù)算十分不利，許多設(shè)計(jì)人員會(huì)因此通過(guò)不合理的材料采購(gòu)或者故意進(jìn)行高額的工程預(yù)算預(yù)算來(lái)提高工程預(yù)算，政府和相關(guān)的企業(yè)可以通過(guò)一系列的獎(jiǎng)勵(lì)和懲罰措施。另外，在審計(jì)的過(guò)程中，也要對(duì)設(shè)計(jì)人員的設(shè)計(jì)方案進(jìn)行嚴(yán)格審查，發(fā)現(xiàn)不合理的地方要及時(shí)糾正，對(duì)于故意抬高工程預(yù)算的設(shè)計(jì)方案要堅(jiān)決淘汰，這樣才能體現(xiàn)出工程審計(jì)的作用，審計(jì)人員一定要盡職盡責(zé)，盡可能的保證工程質(zhì)量的同時(shí)降低工程預(yù)算的成本。在具體的設(shè)計(jì)施工前雙方會(huì)簽訂有效的施工合同，在之后的設(shè)計(jì)方案評(píng)選中，相關(guān)部門(mén)會(huì)對(duì)有關(guān)的圖紙?jiān)O(shè)計(jì)文件進(jìn)行嚴(yán)格的審查。加大審查力度的同時(shí)，可以提高設(shè)計(jì)人員的自覺(jué)意識(shí)。

履約保函的作用是保證承包商能按合同規(guī)定承擔(dān)工程的實(shí)施和完成及其缺陷修復(fù)的銀行擔(dān)保，其有效期至業(yè)主向承包商頒發(fā)交工之日。工程預(yù)算承包商應(yīng)按在規(guī)定的期限內(nèi)向業(yè)主提交履約保函，未提交之前不得對(duì)其計(jì)量。動(dòng)員預(yù)付款保函的作用是對(duì)業(yè)主支付給承包商用于開(kāi)工前準(zhǔn)備工作啟動(dòng)資金的銀行擔(dān)保，按工程進(jìn)度以一定比例分期從各月的中期支付中扣回。其有效期至全部扣回之日起失效。承包商應(yīng)按在規(guī)定的期限內(nèi)向業(yè)主提交動(dòng)員預(yù)付款保函，未提交之前不得支付動(dòng)員預(yù)付款。