工程預算審計主要針對工程項目決算的，在一個建設項目竣工完成，建設單位與施工單位結算工程款時進行的。工程預算審計就是工程預算審核（審價），是工程預算咨詢單位咨詢業務的一部分。受業主委托對其工程項目的概算、預算及結算等，依據現行 政策法規、計價依據及相關工程技術資料對送審造價的工程量、單價及取費等進行逐項審核。在運用工程量清單計價模式進行工程預算審計工作時，可以從以下幾個方面來進行：

履約保函的作用是保證承包商能按合同規定承擔工程的實施和完成及其缺陷修復的銀行擔保，其有效期至業主向承包商頒發交工之日。工程預算承包商應按在規定的期限內向業主提交履約保函，未提交之前不得對其計量。動員預付款保函的作用是對業主支付給承包商用于開工前準備工作啟動資金的銀行擔保，按工程進度以一定比例分期從各月的中期支付中扣回。其有效期至全部扣回之日起失效。承包商應按在規定的期限內向業主提交動員預付款保函，未提交之前不得支付動員預付款。

工程預算審計方法還有很多各有各的優缺點 ，要提高審計效率，關鍵是要會選擇。政府投資項目范圍廣泛 ，各項目的建設難度、標準也不一致。另外，政府工程經常受到人為因素和自然條件的影響，往往建設時間長，存在較多的設計變更和現場簽證 ，有的項目在審計時已經發生變化 ，甚至無法進行現場取證。這些因素決定了工程預算審計具有多樣性、復雜性和風險性。因此，選擇審計方法時，既要考慮不同的審計階段和審計內容，還要結合審計目標，注意審計方法之間的交叉使用和外部審計條件的許可，做到有的放矢、科學使用。

工程預算設計部門應當加強以下幾個方面的工作： 1）工程預算項目的設計單要嚴把質量關，保證所提交的工程設計具有較高的質量； 2）應當明確職責并與獎金掛鉤，發揮績效的積極作用； 3）應當有計劃有目標地培養技術骨干，通過請專家來對企業員工進行培訓、單位工程竣工驗收程序：工程竣工驗收由建設單位組織勘察、工程預算編制、施工、監理等單位和其他有關方面的專家進行工程驗收。（1）單位工程完工后，施工單位自行組織檢查評定，并向建設單位提出交工驗收投告。（2）建設單位收到工程驗收報告后，應由建設單位（項目）負責人組織施工（合分包單位）、工程預算編制、監理等單位（項目）負責人進行單位（子單位）工程驗收。