水下清理清污時應注意糾偏幅度不宜過大，頻率不宜過高。制作底節沉井圍堰，浮運至墩位處定位，通過水上起重設備起吊，放入水中浮起，并用導向船和纜繩將其在流水中定位，在向空壁中注水壓重下沉并逐層接高壓重，同時吸泥下沉。當圍堰下沉至巖面時，可以將刃腳與巖面空隙填實，再向空壁中注水壓重使其不再懸浮。
水下清理清污是應該注意海流有一定的流向和流速，有的海域還多層流，在這種情況下，海流在不同的深度，有其各自的流向和流速，而且流向和流速隨時間的變化而變化。在江、河中，同樣也存在著水的流動。須派有經驗的潛水員下潛，同時水面應安排有經驗的潛水員擔任應急救護潛水員。潛水員下潛和上升時必須緊握入水繩，必要時應使用鉤。在水底時不得離開行動繩。盡量采用水面減壓法，減壓方案應選用延長方案。
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水下封堵管塞封堵法常用于小型管道中，一般管塞有橡膠塞(兩塊鐵板中間嵌裝厚橡膠圈，鐵板用螺栓絞緊，使橡膠圈擴張與管壁產生摩擦，以達到穩定管塞的作用)、木質管塞(外包麻布等塞入管口并塞緊)。另外，也可用透水性小的黏土裝袋，然后塞入溝管塞緊等。
2、磚砌封堵法
用水泥砂漿或水泥黏土拌制的膠結材料，砌筑磚墻來封堵大、中型管道，是較常用的方法。它具有取料方便，封堵效果較好的優點，缺點是拆除比較困難。
水下封堵
1、堵水氣囊封堵，氣囊封堵速度快，但不宜長久封堵。2、水下砌墻封堵，砌墻封堵比較慢，但能夠長久封堵。3、沙袋水下封堵，沙袋封堵更顯慢，沙袋凝固時間慢。
水下封堵專業潛水員進污水管進行探摸檢查，查勘管道內是否有淤泥，污水井里是否有垃圾或者淤泥，測量管道里的水流動向以及水流速度。如果管道靠海邊，管道出口是否連接海水，一旦連接，會出現于漲落潮的影響，井里水會根據潮起潮落現象，時高是低。通過以上勘察后，拿出一份具有說服力的施工方案。
