工程預算竣工決算審計依據《審計法》和審計署發《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為（1）竣工決算編制依據；（2）項目建設及概（預）算執行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產；（5）尾工工程；（6）結余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結余；（9）投資效益評價。主要根據 的審計法和相關規定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。
工程預算材料費的計算要把好三關：“劃分界限關”――嚴格按規定劃分設備與材料。“價格關”――尤其是大宗材料和對造價影響較大的材料，要根據當地造價部門發布的材料指導價或通過市場調查、網上詢價等途徑，獲取材料的真實價格。“計算關”――審查材料費及運雜費計算的合理性和合規性。分包工程計價的審計。對分包工程預算進行合理準確的計價是真實反映分包工程預算的基礎，將工程量計算、定額子目套用及費率計取作為分包工程計價審計的審計重點。
分包工程竣工結算審計是分包工程全過程跟蹤審計的第三步，是對分包工程預算的終確定。分包工程預算的合理性和準確性，直接體現著分包工程的審計質量和審計成果嚴格復核結算工程量。對結算工程量要嚴格審查和準確計算，將工程量的計算及變更簽證的確認作為審計重點，注意工程量的重復和多計，增強對虛假變更簽證的辨別力。工程量的確定要依據施工圖和業主或建設單位簽發的公務通知單、設計部門的設計變更單。尤其對現場變更工程量的確認，嚴防只計增不計減，要把握住“在一般情況下，有增必有減”的原則，如果有增無減，就要查明原因。對野外偏僻的施工簽證，要有現場各級人員的簽認，否決“一言堂”簽證。
工程預算審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程預算審核以單位工種為標的，只對單位工程預算的合理負責。
審計與工程預算審核是兩個截然不同的專業學科，審計以會計師、審計師為主；而工程預算審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前 正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程預算審核，將以造價工程師為主。
