花椒在生長發育過程中，由于環境不適或受病原菌的侵害，常常發生一些影響椒樹生長掛果結實、產品質量的病害。常有的病害有花椒菟絲子、花椒銹病、花椒根腐病、花椒落葉病、花椒炭疽病、花椒潰瘍病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒葉斑病、花椒膏病等。現主要介紹花椒根腐病，花椒銹病和花椒膏病。
花椒根腐病常發生在苗圃和成年椒園中。是由腐皮鐮孢菌引起的一種土傳病害。受害植株根部變色腐爛，有異臭味，根皮與木質部脫離，木質部呈黑色。地上部分葉形小而色黃，枝條發育不全，嚴重時全株死亡。防治措施：合理調整布局，改良排水不暢，環境陰濕的椒園，使其通風干燥。做好苗期管理，嚴選苗圃，以15%粉銹寧500-800倍液消毒土壤。高床深溝，重施基肥。

花椒樹從出苗到初花需3年；第3年-第8年為初果期；結果盛期為15-25年。年產量的高低和管理技術密切相關。管理技術，第1-3年，以促進樹體發育為主，加快樹冠擴大。整形修剪，合理配備各級結果枝組，構成合理的樹體結構。第3-8年內完成各級骨干枝的配備，多培育側枝和結果枝組。進入結果盛期后，通過水肥管理和修剪技術，防止結果“大小年”和樹體早衰的現象發生。
發生病蟲害時，對癥用防治。目前市場上流通的除草劑沒有花椒專用。在花椒未發芽展葉前可以使用林用惠爾，發芽展葉后使用精穩殺得或精禾草克，也可以用毒土法撒施林用惠爾。
深翻熟化土壤：深翻土壤，擴大樹窩，才能達到熟化土壤的目的。花菽是一咱淺根性樹種，側根發達，根系旺盛生長，大需要有通氣良好和富含有機質的土壤條件。具體作法是：花椒樹冠下面淺挖，樹冠外面深翻，以免傷根。行間一般深挖33—66厘米。在深翻坑土時，結合施以有機肥料作基肥，增加土壤有機質。若是粘重土，深翻時應摻沙，以改良土壤結構。