無論是滾筒篩海是洗海砂設備，都需要使用淡水進行清洗工作，這樣清洗水的處理就是一項非常重要的事情，清洗水中大量的氯離子使得其不能進行循環利用，只能將其沉淀后排入海洋中去。同時在海沙淡化設備生產線中安裝有氯離子檢測儀，每小時對氯離子進行一次檢測，以確保海沙產品達到建筑行業用沙標準。

除去氯離子有效的方法就是生成氯化物沉淀或者將氯離子變成氣體排出。但這兩種方法的投入成本相對較高，在現實生活中一般是不會采用的。在常用的海沙淡化生產線中，多使用物理上的清水清洗方法。它的主要原理就是利用清水來稀釋氯離子，使得清洗后海沙中的氯離子含量達到標準值以下。                 

海砂淡化除鹽的具體方法包括自然堆積法、浸漬法、灑水法、淡水沖洗法、混合法和滾筒（機械）除鹽法等。

自然堆積法是將海砂自然堆積到一定厚度，利用大自然風吹、雨淋、日曬的自然作用，經過數月或更長的時間，除去砂中氯鹽的方法。自然堆積法所需時間以海砂經取樣檢測證明含鹽量符合規范要求為準。這種方法花費時間長（與季節有關），不能解決應急需要，而且堆積用地量大，需要排水設備。但該方法不需人為沖洗，成本相對較低。

浸漬法是將海砂浸泡在大量淡水中，經過12-24小時的自然沖洗、擴散作用，使得原本海砂中的氯鹽溶于水并離開砂粒的方法。浸漬法所需場地較小，但需要配置除鹽砂槽和排水處理設備，一般處理1m3海砂需要0.8噸以上的淡水。浸漬法連續作業困難，淡水與海砂的比例、海砂浸水時間等對其淡化效果的影響極大。