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工程預算審計方法還有很多各有各的優缺點 ，要提高審計效率，關鍵是要會選擇。政府投資項目范圍廣泛 ，各項目的建設難度、標準也不一致。另外，政府工程經常受到人為因素和自然條件的影響，往往建設時間長，存在較多的設計變更和現場簽證 ，有的項目在審計時已經發生變化 ，甚至無法進行現場取證。這些因素決定了工程預算審計具有多樣性、復雜性和風險性。因此，選擇審計方法時，既要考慮不同的審計階段和審計內容，還要結合審計目標，注意審計方法之間的交叉使用和外部審計條件的許可，做到有的放矢、科學使用。

施工單位施工過程中對技術資料的未能完整歸檔或有意不建檔，造成建設單位在工程竣工后無法建立完整的工程資料檔案并按要求報送工程結算所需資料，從而使審計工作周期拉長、風險加大。這個問題也的確存在。不過，按照一般的情況，審計周期是按提供完整的資料開始計算的。除非你自己的要求沒有到位，那也怨不得別人。什么叫風險加大？是你審計費用不夠用了吧？既然做了審計這個行業，就要有這個思想準備，否則人家建設單位為什么出錢給你啊！建設單位缺乏工程技術專管人員和工程技術專業知識或工程技術人員職業道德水準不高，造成工程項目施工中不合規的變更簽證增多，從而使得工程預算隨意增大。

工程預算隨著我國經濟的迅速發展 加強了基本建設力度在取得巨大成就的同時也出現了一些值得重視的問題。如某些施工單位為了追求自身的利益，在基建工程上營私舞弊，頻頻出現高估冒算的現象。根據以往工作經驗，進行工程決算審計常發現的問題有：多列工程項目、工程量不實、高套定額、亂取費用等問題。為了管理好并合理使用基建資金提高投資效益和維護建設方利益加強基建工程決算的審計工作非常重要。開展工程決算審計主要從以下幾個方面入手。

工程預算對定額合理套用： 1)直接套用定額單價要注意套用的項目名稱、內容與施工圖紙標準是否一致，例如構件名稱、強度等級、斷面形式等； 為了避免重復套用項目費用還要注意定額包含的工作內容。 2)對于使用材料的名稱、類別、定額與規格不同時，在允許定額換算的范圍內，可以根據定額材料庫中相對應的材料換算其定額材料和單價，如木門窗框料換算。 3)在工程項目中也要根據具體項目情況，乘上相應的調整系數，例如基礎墊層系數、斜屋面增加系數等。 工程預算編制方面的依據： 1）它是計算和控制建設項目中建筑工程所需費用的依據。 2）它是編制單項工程綜合概算的依據。 3）它是建筑工程設計方案經濟合理的論證依據。