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工程預算審計主要針對工程項目決算的，在一個建設項目竣工完成，建設單位與施工單位結算工程款時進行的。工程預算審計就是工程預算審核（審價），是工程預算咨詢單位咨詢業務的一部分。受業主委托對其工程項目的概算、預算及結算等，依據現行 政策法規、計價依據及相關工程技術資料對送審造價的工程量、單價及取費等進行逐項審核。在運用工程量清單計價模式進行工程預算審計工作時，可以從以下幾個方面來進行：

工程預算中的工程結算審核，以施工承包合同為基礎．以承發包雙方發生的實物交易為依據，按照 或地方施工工、料、機消耗標準進行核算，對雙方有約束力。其工程結算審核結果可作為雙方結算的法律依據。審計定義為：由獨立的機構和人員檢查被審計單位的會計憑證、會計帳本、會計報表以及其他與財政收支、財務收支有關資料和資產，監督財政收支、財務收支是否真實、合法和有效的行為。審計的目的是加強對公有制投資者資金進行有效的控制，減少投資者濫用職權截留資金，轉移資金于小金庫，造成建設資金流失，實施違法違規行為。其職能是一種監督行為。

工程預算增加工程是“貓膩”較多的地方，究其原因，主要是設計單位設計深度不夠，建設單位責任心不強。有些承包商在“低價中標法”中不計成本得到工程后，為了彌補損失，千方百計增加工程簽證，在利益誘惑下，某些項目管理者亂簽證、補簽證現象嚴重 ，審計人員一旦認真復核，通常會發現簽證工程量與實際出入較大。安裝、裝飾及園林工程結算取定的材料單價和市場行情出入很大，有的甚至“偷梁換柱”。例如某國產燈具安裝材料套用進口材料價格，工地現場的名貴樹種規格和結算書的規格大相徑庭，通過現場勘查取證 ，工程預算水分被大大擠壓出來。

施工組織設計的工程預算編制依據 (1)計劃文件，包括 批準的基本建設計劃文件、單位工程項目一覽表、分期分批投產的要求、投資指標和設備材料訂貨指標、建設地點所在地區主管部門的批件、施工單位主管上級下達的施工任務等； (2)設計文件，包括批準的初步設計或技術設計、設計說明書、總概算或修正總概算、可行性研究報告； (3)合同文件，即施工單位與建設單位簽訂的工程承包合同； (4)建設地區的調查資料，包括氣象、地形、地質和其他地區性條件等結算過程其他注意事項結算的工程量以竣工圖為準，竣工圖不清之處，預算人員要得到工程管理中心的確認或到工地現場進行實地測量；尤其對圖紙未標注、規范無特別要求，現場實際施工又提高標準的項目一定要有現場工程師文件確認并符合工程合同要求后才能給予按實結算。